日本一簡単な医療統計を目指すblog

筆者の覚書のためにできるだけ簡単に統計が使えるようになることを目指すブログです。そういう意味では細かい統計事項には触れませんし、統計家がかいているわけではありませんので間違いもあると思います。

Rをダウンロードしよう

Rも世界中で使用されている統計ソフトだ。

最大のメリットは無料であること。

そしてグラフなどのカスタマイズができることもメリットである。

しかし、ある程度のコーディング(プログラミング)ができないと使いこなしにくい面もある。

 

以下からダウンロードできる。無料なのでダウンロードしてみよう。

https://www.r-project.org/

 

もっと簡単に使えるRをという人は以下を参照してほしい。

easystats.hatenablog.com

 

EasyRをダウンロードする

EasyRはRをベースにしたプログラムだが、その名の通り簡単に使えるのが最大のメリットだ。

ほとんど他の統計ソフトと同様なインターフェースで簡単に使用できる。

EASY Rの使い方は開発した本人の解説書がわかりやすくて良い。

以下のサイトから無料でダウンロードできる。

http://www.jichi.ac.jp/saitama-sct/SaitamaHP.files/statmedLINUX.html

 

細かい仕様の仕方は解説書を読むのが良い。

Rの知識があれば細かいグラフのカスタマイズも可能だ。

2X2の表の統計ーFisherまたはカイ2乗

 

2X2の表の統計

2X2の表の統計は以下の2つだ。

  1. Fisher正確検定
  2. カイ二乗検定(χはエックスではなくカイと読む)

どのようなときにFisherフィッシャー正確検定を用いるか

例えば男性と女性で160cm以上の人と160cm未満の人の割合が次のような場合の統計はどうすれば良いか?

 

  160cm以上 160cm未満
男性 30 4
女性 24 12

 

2X2表の1箇所でも5以下の数字があるときには

Fisher正確検定を用いるべき

という考え方が比較的一般的なようです。

それでは実際にRで統計処理してみましょう。

 

 

入門 医療統計学―Evidenceを見出すために

入門 医療統計学―Evidenceを見出すために

  • 作者:森実 敏夫
  • 発売日: 2004/07/01
  • メディア: 単行本
 

 

 

EZRでやさしく学ぶ統計学~EBMの実践から臨床研究まで~ 2版

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  • 作者:神田善伸
  • 発売日: 2015/04/17
  • メディア: 単行本(ソフトカバー)
 

 

easystats.hatenablog.com

KAPLAN MEIER とにかく実際に描いてみる1

前回はデータの準備の方法でした。

今回は実際に描いてみたいと思います。

 

仮にデータを以下のように用意します。

 

 

Case No Months from surgery Event
1 5 0
2 12 1
3 14 0
4 14 1
5 24 1
6 30 0
7 60 0

 1人目は経過5ヶ月で生存中

2人目は経過12ヶ月で死亡

3人目は14ヶ月に外来にきてその後引っ越して状況不明と行った場合もEventは0です

 

 

KAPLAN MEIERを描いてみる1 データをエクセルに

 

Kaplan Meierに必要なデータ

KAPLAN MEIERをプロットする際にどんなデータが必要かを解説します。

例えば肺がん患者さんの手術後の生存率をプロットする場合

を例にエクセルでデータを収集してみます。

  1. 手術日
  2. 最終生存確認日または死亡確認日
  3. イベント(この場合は死亡)ーー0(生存または死亡したか不明)または1(死亡している)

この3つが必要です。

 

続きはコチラ。データ入力から、ログランクテストまで解説します。

easystats.hatenablog.com

easystats.hatenablog.com

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 簡単にKaplanMeierカーブを作成

 EZRならばフリーソフトで、簡単にKaplanMeierカーブを作成できます。EZR作成者本人による以下の本に使い方詳細がかかれています。

EZRでやさしく学ぶ統計学~EBMの実践から臨床研究まで~ 2版

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  • 作者:神田善伸
  • 発売日: 2015/04/17
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