日本一簡単な医療統計を目指すblog

筆者の覚書のためにできるだけ簡単に統計が使えるようになることを目指すブログです。そういう意味では細かい統計事項には触れませんし、統計家がかいているわけではありませんので間違いもあると思います。

Rを使って無料でとにかく最速で累積発生率(0から上に階段状に上がるKaplan-Meier曲線)を作成する方法

 

前回は上から下に階段状に落ちるKaplan-Meier曲線

1 カプランマイヤーの元データをCSVでデータ保存

デスクトップにエクセルを使ってCSVでデータを保存します。

データは英語で1行目にMonth Survival  Groupとして、Survivalは生存・打ち切りが0,死亡が1でデータを用意します。

Kaplan Meier 元データ

カプランマイヤーデータ

2 Rのディレクトリーの設定

Rを立ち上げて、ディレクトリーをデスクトップにします。

 

f:id:USMLE:20201101114544p:plain

Rでカプランマイヤー

3 以下をコピペしてRに打ち込めばとりあえずはKMカーブが完成。

library(survival)

x <- read.csv("test.csv")

survfit1 <- survfit(Surv(month, survival)~group, data=x)

plot(survfit1, fun="event", col=1:2)

 

Rで作成 累積発生率(下から上へのKaplan-Meier曲線)

Rで作成 累積発生率(下から上へのKaplan-Meier曲線)

 赤字が前回との違いです。FUNのところで”EVENT”を指定すると下から上への累積での積み上げ表示になります。COLは色を指定しています。

ちなみに前回の記事はコチラ

easystats.hatenablog.com

ちなみに最初のlibrary(survival)はsurivalというライブラリー(プログラムセット)を読み込むコマンドです。

 

無料ソフトEZRを使用するともっと楽にできます。

 EZRの詳しい説明はコチラ

 

EZRでやさしく学ぶ統計学~EBMの実践から臨床研究まで~ 2版

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