日本一簡単な医療統計を目指すblog

筆者の覚書のためにできるだけ簡単に統計が使えるようになることを目指すブログです。そういう意味では細かい統計事項には触れませんし、統計家がかいているわけではありませんので間違いもあると思います。

Rを使って無料でとにかく最速でKaplan-Meier曲線を作成する方法

 

1 カプランマイヤーの元データをCSVでデータ保存

デスクトップにエクセルを使ってCSVでデータを保存します。

データは英語で1行目にMonth Survival  Groupとして、Survivalは生存・打ち切りが0,死亡が1でデータを用意します。

Kaplan Meier 元データ

カプランマイヤーデータ

2 Rのディレクトリーの設定

Rを立ち上げて、ディレクトリーをデスクトップにします。

 

f:id:USMLE:20201101114544p:plain

Rでカプランマイヤー

3 以下をコピペしてRに打ち込めばとりあえずはKMカーブが完成。

library(survival)

x <- read.csv("test.csv")

survfit1 <- survfit(Surv(month, survival)~group, data=x)

plot(survfit1,lty=1:2,mark.t=T)

 

R カプランマイヤーの最も簡単な描き方

R カプランマイヤー

ちなみに最初のlibrary(survival)はsurivalというライブラリー(プログラムセット)を読み込むコマンドです。

完成 カプランマイヤー

完成 カプランマイヤー

 

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